极小种群野生植物漾濞槭全基因组获解析

19: 52: 24技术日报

科技日报记者赵汉斌

槭树原产于云南省苍山山西部的山谷,属于枫树家族的枫树。该属在糖生产,木材和观赏植物中具有重要价值,并且由于其种群规模小,繁殖不良和栖息地退化而引起了很多关注。记者25日从中国科学院昆明植物研究所获悉,该研究所已成功分析了这一极少数野生植物的基因组。

照片由中国科学院昆明植物研究所提供。

此前《云南省极小种群物种拯救保护规划纲要( 年)和紧急行动计划》漾濞枫已被列入当地20种野生植物优先保护野生种。自2003年发现以来,中国科学院昆明植物研究所开展了微生物野生植物综合保护小组的研究,明确了其野生种群,授粉生物学和种子传播特性,以及物种遗传和人口结构。目前,有数以万计人工扩大的枫树苗,以便随后的种群退化和恢复活力。

今年,该团队完成了Acer platyphylla的基因组测序和组装,并在染色体水平附近获得了高质量的全基因组。它也是第一个枫树植物的第一个全基因组报告。 Acer rugulosa的组装基因组约为666兆克,重复序列占68.0%。蛋白质编码基因是从头或基于同源的功能注释;通过装配质量评估分析获得95.5%的装配完整性评估。

有趣的是,与葡萄的全基因组共线性分析显示,在核心双子叶植物中的常见六倍体事件后,Acer davidiana在整个基因组中没有经历重复事件。另外,与葡萄染色体相比,Acer davidiana染色体保留了大量的祖先染色体成分。研究员马永鹏告诉科技日报,这也是全球第一个进行全基因组分析的物种,它将为其最小种群的形成和维持机制提供重要数据。同时,鉴于Acer grandiflorum的高质量全基因组信息和染色体进化特征,其状态可以取代葡萄作为Sarcoptera染色体进化分析的最重要的参考基因组。结果发表在GigaScience上,这是一个在生命和生物医学科学领域的大数据领域极具影响力的国际期刊,这是该团队今年的第三次高水平成就。

赵汉斌,科技日报记者

Acer是一种属于Acer家族的枫树植物,起源于云南省苍山县西部的漾River河谷。该属在糖生产,木材使用和装饰方面具有重要价值。与此同时,它因人口规模小,繁殖不良和栖息地退化风险高而备受关注。记者25日从中国科学院昆明植物研究所获悉,该研究所最近成功解析了这一极少数野生植物的全基因组。

地图由中国科学院昆明植物研究所提供。

在此之前,《云南省极小种群物种拯救保护规划纲要( 年)和紧急行动计划》已将Acer palmatum列为当地20种最小的野生植物种类之一,这些野生植物在救援和保护方面享有优先权。自2003年发现以来,中国科学院昆明植物研究所的最小种群野生动物综合保护团队一直在开展不断的研究工作,明确了其田间种群数量,授粉生物学和种子传播特性,以及物种遗传多样性和种群结构。目前,成千上万的鸡爪槭幼苗已经人工扩大,以便随后进行人口退化和恢复活力。

今年,该团队完成了Acer platyphylla的基因组测序和组装,并在染色体水平附近获得了高质量的全基因组。它也是第一个枫树植物的第一个全基因组报告。 Acer rugulosa的组装基因组约为666兆克,重复序列占68.0%。蛋白质编码基因是从头或基于同源的功能注释;通过装配质量评估分析获得95.5%的装配完整性评估。

有趣的是,通过对葡萄的全基因组共线分析,A。sinensis在核心双子叶植物共享的古老基因组六倍体事件之后没有经历过全基因组重复事件;此外,与葡萄染色体相比,大量的祖先染色体成分保留在宏的染色体上。研究员马永鹏告诉“科技日报”记者,这是枫树植物中第一个分析全基因组物种的物种,并将为其非常小的种群的形成和维持机制提供重要数据。同时,鉴于Acer platyphylla的高质量全基因组信息和染色体进化,其状态可以取代葡萄作为树苗染色体进化分析的最重要的参考基因组。该研究结果发表在GigaScience上,这是一本关于生命和生物医学科学大数据的高影响力国际期刊,这是该团队今年的第三次高水平成就。